尼康顯微鏡一般使用外部光源，有側向的鹵素燈斜射照明，有環形LED燈照明，但是這些照明方式都不是同軸照明，照明光都是從側面斜射，與主光軸有一定的夾角，原理上和金相顯微鏡的暗場照明有點像。
尼康顯微鏡的機架尺寸一般比較小，但是如果配合大尺寸移動機架，它可以檢查不同尺寸的試樣，包括直接檢查生產線上的產品，所以它對試樣要求很低，也不需要專門制樣，只要制樣表面大概平就可以了。因為體視鏡比較輕，顯微鏡調焦方式一般都是升降整個光路主機。
尼康顯微鏡的選擇要考慮好光學質量：
1.平場光學件：校正整個物體視場上的圖像平整度，適用于所有應用。
2.消色差光學件：針對于色彩重現不是重點，而主要為了評估外形特征的應用。
3.復消色差光學件：樣品觀察時，如果對顏色要求非常高，那就需要使用高質量的光學件以及適當的光源。
4.透過率：對于需要觀察樣本精密細節的應用需求，使用具有較佳透過效果的高質量光件會更突顯優勢性。對于要求較高的應用如研發用途，使用高透過率的光學件會有完全不同的效果。
5.色彩重現：如果看清樣本真實顏色是個重要指標，則應當使用高質量的光學件和恰當的照明。
